Ali Şükrü Bey İstanbul Kasımpaşa’da dünyaya geldi. Babası Trabzon’un Şarlı (Beşikdüzü) nahiyesinden çeşitli yerlerde liman reisliği yapmış, bahriye kolağası rütbesinde iken emekli olmuş Reisoğlu Hacı Hâfız Ahmed Efendi’dir. İlk öğrenimini tamamladıktan sonra 1898’de babası tarafından Heybeliada’daki Mekteb-i Fünûn-ı Bahriyye-i Şâhâne’ye kaydedildi. 1902’de harbiye sınıfına geçiş yaptı, 1904’te teğmen rütbesi ile donanmaya katıldı. Başarılı eğitim hayatı sebebiyle kurmay sınıfına ayrıldı. Heybetnümâ okul gemisinde güverte mühendisliği eğitimi aldı, çeşitli gemilerde seyir subaylığı ve ikinci süvari olarak çalıştı. 29 Ekim 1905’te kurmay üsteğmen rütbesiyle Mesudiye zırhlısı seyir subay yardımcılığına tayin edildi. Ardından Bahriye Erkân-ı Harb Reisliği’nde görevlendirildi. 27 Nisan 1901’de ise yüzbaşı oldu; Sultâniye ve Orhâniye gemileri, Yarhisar torpidosu ve Nevşehir gambotunda seyir subaylığı yaptı. Daha sonra Deniz Müzesi’nde göreve başladı, bu sırada istifasını verdiyse de Balkan Harbi yüzünden bu isteği kabul edilmedi. İstifası ancak savaşın bitmesi üzerine, 13 Haziran 1914’te gerçekleşti ve binbaşı rütbesinde iken ordudan ayrıldı.
Ali Şükrü Bey, öğrencilik yıllarından itibaren Osmanlı Devleti’nin çöküş sebeplerinden biri olarak donanmanın zayıflığını görmüş ve bazı arkadaşlarıyla birlikte bu eksikliğin giderilmesi gerektiğine inanmıştı. II. Meşrutiyet döneminde donanmanın güçlendirilmesi amacıyla 19 Temmuz 1909’da kurulan Donanma-yı Osmânî Muâvenet-i Milliyye Cemiyeti’nin kuruluş çalışmalarında yer aldı. Henüz yüzbaşı rütbesinde iken, Erkân-ı Harbiyye bahriye reisi Râsim Paşa ile birlikte cemiyetin yönetim kuruluna girdi. Burada Bahriye Nâzırı Cemal Paşa ve Dâhiliye Nâzırı Talat Bey ile birlikte çalışma imkânı buldu. Cemiyetin yönetim kurulunda en aktif üyelerden biri oldu. Donanma Mecmuası’nın yayımlanmasına önemli katkısının yanı sıra ülke düzeyinde gerçekleştirilen irşad ve yardım kampanyalarında görev aldı. Toplanan yardımlarla satın alınacak gemi ve askerî mühimmat işlemlerinde donanma adına askerî uzman sıfatıyla görevlendirildi. 1911 Mayısında Reşid Paşa, Midhat Paşa ve Giresun gemilerini İngiltere’den, 1914’te Çanakkale cephesinde kullanılan mayınları Almanya’dan ve 11 Haziran 1918’de Romanya’dan gemi teslim alarak donanmaya kazandırdı. İngiltere’de bulunduğu sırada deniz hukukuna dair Zibel’den özel dersler aldı. İtalya’nın Osmanlılar aleyhindeki iddialarına Liverpool Times’ta yazdığı makalelerle cevap vererek Osmanlı lehinde bir hava oluşturmaya çalıştı.
Yüzbaşı rütbesindeyken askerlikten istifa ederek kariyerine siyasette devam etti. Özellikle Sultan Reşat (V. Mehmet) döneminde ülkede kol gezmiş, vatanı tamamen kendi çıkarlarına göre idare etmiş olan İttihat ve Terakki Cemiyeti'ne karşıt görüşlere sahip olan Ali Şükrü Bey, siyasete girme kararı vererek şehadete giden kapıyı aralamış oldu. 1920 senesinde Trabzon Mebusu olarak Meclis-i Mebusan'a seçildi. İstanbul’un işgalinden sonra Meclis-i Mebusan'ın kendini feshetmesi üzerine Ankara'ya gitti ve Türkiye Büyük Millet Meclisi'ne Trabzon Milletvekili olarak girdi. TBMM'ye girdikten sonra ilk iş olarak halkı Milli Mücadele ruhuna indandırmaya çalışmak olan Ali Şükrü Bey, bu gaye ile kurulan İrşad Encümeni'ne katıldı ve bu encümenin bir üyesi olarak civar illeri gezdi. Ekserî Mustafa Kemal'e muhalif bir çizgide siyaset izleyen Trabzon Mebusu, özellikle içki konusunda yasaklayıcı bir kanun çıkarılması ve tavizsiz bir şekilde tatbîk edilmesi için büyük çaba sarfetti. Anadolu-Rumeli Müdafa-i Hukuk Cemiyeti'ne muhalif olan İkinci Grup'un önderlerinden birisi oldu. İkinci grubun görüşlerini açıklamak ve yaymak üzere Mustafa Kemal'in Hâkimiyeti Milliye Gazetesi'ne karşı Tan Gazetesi'ni yayınlamaya başladı. 68 sayı çıkabilen gazetenin hemen hemen tüm başyazılarını Ali Şükrü Bey yazdı. Mecliste görüşlerini her zaman sert bir dille savunan Ali Şükrü Bey, özellikle Lozan görüşmeleri sırasında tavizsiz ve cesur bir siyasetçi haline geldi. Lozan görüşmelerinden sonra yapılan meclis oturumlarında; İsmet Paşa'nın hariciyeci olmadığı için Lozan'da acemice işler yaptığını ve TBMM'nin kendisine verdiği yetki sınırlarının dışına çıkarak müzakereleri sürdürdüğünü savundu. Lozan'da devam eden müzakerelerin durumu hakkında TBMM'ye açıklanan resmi bilgiler ile dış kaynaklı haberler arasındaki çelişkileri dile getirdi. İslam'ı tavizsiz bir şekilde yaşamaya çalışan ve anlatan, neredeyse 1000 yıllık bir milletin dinî ve millî değerlerini korkusuzca, cesurca savunan Ali Şükrü Bey, 27 Mart 1923 tarihinde ortadan kayboldu. Kardeşi, olayı Bakanlar Kurulu'na taşıdı ve devlet eliyle aranmasını istedi.
Arama kararından üç gün sonra Ali Şükrü Bey'in cesedine ulaşıldı. Cinayeti araştıran komisyon, Mustafa Kemal'in müdafii Topal Osman'ın, Ali Şükrü Bey'i boğarak şehit ettiğini öğrendi. Bu durum sonrasında hakkında yakalama kararı çıkarılan Topal Osman teslim olmayarak direndi. Bir süre sonra öldürüldü. Şehit Ali Şükrü Bey'in mübarek kabri ise Hacı Bayram Camii'ye getirildi. Burada kılınan cenaze namazının ardından Trabzon'a gönderildi ve Boztepe’deki mezarlığa defnedildi.